2. EMP基本介绍

EasyMicroPlot致力于帮助低代码经验的微生物数据分析研究者，完成下游注释中一系列主流微生物常规分析流程。EMP包BUG提交及讨论QQ群：729506293

2.1 EMP主要架构

2.2 安装方式

Github安装方法

install.packages('remotes')
remotes::install_github("https://github.com/xielab2017/EasyMicroPlot",subdir='Version_0.5')

Gitee安装方法

考虑到github的网络连接问题，EMP包提供了中国境内Gitee安装方式

首先要确保电脑内已经安装Git工具

Git工具官方下载安装地址：https://git-scm.com/downloads （首次安装Git后，需重启电脑或者R）

install.packages('remotes')
remotes::install_git("https://gitee.com/xielab2017/EasyMicroPlot/",subdir='Version_0.5')

2.3 依赖包列表

• ggplot2
• vegan (>= 2.5-6)
• ape (>= 5.3)
• grid (>= 3.5.1)
• plyr (>= 1.8.6)
• dplyr (>= 1.0.2)
• multcomp (>= 1.4-14)
• patchwork (>= 1.0.1)
• fs (>= 1.5.0)
• stringr (>= 1.4.0)
• htmlwidgets (>= 1.5.3)
• ggiraph (>= 0.7.0)
• randomForest(>= 4.6-14)
• ggpubr (>= 0.4.0)
• purrr (>= 0.3.4)
• reshape2 (>= 1.4.4)
• psych (>= 2.0.12)
• VIM (>= 5.1.1)
• table1 (>= 1.4.2)
• pROC (>= 1.17.0.1)
• corrplot (>= 0.84)
• igraph (>= 1.2.6)
• filesstrings (>= 3.2.1)
• grid (>= 3.6.3)
• ggrepel (>= 0.9.1)
• RColorBrewer(>= 1.1-2)
• scales(>= 1.1.1)
• ggpmisc(>= 0.4.5)
• tidyr(>= 1.1.4)
• tibble(>= 3.1.6)
• networkD3(>= 0.4)

• rlang(>= 1.0.6)

  2.4 引用方式

• Bingdong Liu, Liujing Huang, Zhihong Liu, Xiaohan Pan, Zongbing Cui, Jiyang Pan*,Liwei Xie*. EasyMicroPlot : An Efficient and Convenient R Package in Microbiome Downstream Analysis and Visualization for Clinical Study. Frontiers in Genetics. doi: 10.3389/fgene.2021.803627