16. 多重相关性Sankey图

​ Sankey图过去常被用来描述所属流动结果关系，近年来有研究尝试利用sankey图的形式表现多层数据的相互关系。例如第一层为微生物数据，第二层为微生物功能数据（picrust结果或者功能基因组装结果），第三层为样本表型数据（临床症状等）。这种分层相互关系的展现形式，可以很好的描述微生物丰度-微生物功能-宿主病理生理表型的逻辑关系。本章节EMP_COR_SANKEY模块可以基于数据框列表，快速绘制多重相关性的交互式Sankey图。

16.1 EMP_COR_SANKEY模块

​ EMP_COR_SANKEY模块根据微生物数据和表型数据进行冗余分析。

16.1.1 参数介绍

• data_list

  按照顺序包含的数据框列表，格式需要符合3.2的格式要求。

• cor_method

  相关性计算方式（person，spearman，kendall)。【默认：Spearman】

• rvalue

  设定相关性计算的相关系数绝对值的阈值，低于此阈值的相关性结果将会被过滤。【默认：0.3】

• pvalue

  设定相关性计算的p值阈值，高于此阈值的相关性结果将会被过滤。【默认：0.05】

• positive_col

  设定正相关边的颜色。

• negtive_col

  设定负相关边的颜色。

• sankey_ouput

  设定是否输出结果在工作区文件夹。

• file

  设定输出文件名。

• palette

  指定绘图色板。

16.1.2 使用范例

代码示例：

Tips 1：data_list支持多层数据，只需按照顺序依次排列在list内。

Tips 2：data_list内数据框包含的样本不必完全一致，两层之间的相互关系将采用交集样本计算。

Tips 3：EMP_COR_SANKEY模块计算相互关系时，将根据rvalue和pvalue过滤掉不符合意义的边，而孤立的节点将会被去除。

Tips 4：EMP_COR_SANKEY模块计算相互关系时，将判定中间层的节点必须左右均具有符合条件的相互关系，如只存在一侧关系的中间层节点将会被自动过滤。

# 基本用法
library(EasyMicroPlot) # 加载包
data(EMP) # 加载内置示例数据
Sankey_pic<- EMP_COR_SANKEY(data_list = EMP$Sankey_data,rvalue = 0.3,pvalue = 0.05)
Sankey_pic$plot # 交互式图形结果
Sankey_pic$sankey_data # 分层相关性结果

基本计算结果：

# 两两相关性结果
Sankey_pic$sankey_data

     source          target      value
1        V4         ko00062 -0.4269738
2        V8         ko00062  0.5953949
3       V14         ko00062  0.8701599
4        V8         ko05322  0.5811994
5       V14         ko05322  0.8452108
6        V4         ko00100 -0.4236874
7        V8         ko00100  0.6312576
8       V14         ko00100  0.8074742
9       V14         ko00740  0.6502133
10       V4         ko00350 -0.8620269
11       V8         ko00350  0.6459096
12      V11         ko00350  0.4163614
13      V14         ko00350  0.4438084
14       V3         ko01040 -0.4108669
15       V4         ko01040 -0.7759463
16       V8         ko01040  0.6819292
17      V14         ko01040  0.5829238
18       V4         ko00920 -0.5836386
19      V14         ko00920  0.5194146
20       V3         ko05143  0.4143512
21      V11         ko05143 -0.6552672
22      V14         ko05143  0.7366293
23      V11         ko00140 -0.5384615
24      V14         ko00140  0.6229951
29      V11         ko00627  0.4536020
30      V11         ko00053  0.6233211
31      V14         ko00053 -0.5723390
32       V3         ko00760  0.6019536
33       V4         ko00760  0.6910867
34       V8         ko00760 -0.7362637
35      V14         ko00760 -0.4695145
36       V4         ko00643 -0.5277981
37      V14         ko00643  0.4344559
54       V3         ko03410  0.4957265
55      V11         ko03410 -0.4084249
56      V14         ko03410  0.5889723
59       V3         ko00280  0.5299145
60      V12         ko00280  0.5067155
61      V14         ko00280 -0.4649781
62       V4         ko00510  0.6697192
63       V8         ko00510 -0.7936508
64      V14         ko00510 -0.4075174
110 ko00062     Body_Weight -0.4093981
210 ko00740     Body_Weight -0.4440373
310 ko00140     Body_Weight -0.5432891
410 ko00062      Hemoglobin -0.7193000
510 ko05322      Hemoglobin -0.6908386
65  ko00100      Hemoglobin -0.5867975
71  ko00740      Hemoglobin -0.5513452
81  ko00350      Hemoglobin -0.4281788
91  ko01040      Hemoglobin -0.5443158
101 ko00920      Hemoglobin -0.5767119
111 ko00140      Hemoglobin -0.4318463
121 ko00760      Hemoglobin  0.4804405
131 ko00643      Hemoglobin -0.4243372
141 ko00280      Hemoglobin  0.4349025
151 ko00510      Hemoglobin  0.4850248
161 ko00062     Hematocrite -0.7193000
171 ko05322     Hematocrite -0.6956372
181 ko00100     Hematocrite -0.5944381
191 ko00740     Hematocrite -0.5482889
201 ko00350     Hematocrite -0.4229832
211 ko01040     Hematocrite -0.5437046
221 ko00920     Hematocrite -0.5721276
231 ko00140     Hematocrite -0.4345969
241 ko00760     Hematocrite  0.4841079
25  ko00643     Hematocrite -0.4294001
26  ko00280     Hematocrite  0.4397925
27  ko00510     Hematocrite  0.4844136
28  ko00062      Fecal_Iron -0.5819080
291 ko05322      Fecal_Iron -0.5879092
301 ko00100      Fecal_Iron -0.5427350
311 ko00740      Fecal_Iron -0.6959707
321 ko05143      Fecal_Iron -0.5261069
331 ko00140      Fecal_Iron -0.5006105
341 ko00627      Fecal_Iron  0.5726496
351 ko00053      Fecal_Iron  0.5775336
361 ko03410      Fecal_Iron -0.5073260
371 ko00280      Fecal_Iron  0.4603175
38  ko00062 SI_Iron.content -0.6052633
39  ko05322 SI_Iron.content -0.6380732
40  ko00100 SI_Iron.content -0.5634921
41  ko00740 SI_Iron.content -0.6440781
42  ko01040 SI_Iron.content -0.4151404
43  ko05143 SI_Iron.content -0.4842748
44  ko00140 SI_Iron.content -0.4932845
45  ko00627 SI_Iron.content  0.5781441
46  ko00053 SI_Iron.content  0.5256410
47  ko00760 SI_Iron.content  0.4810745
48  ko03410 SI_Iron.content -0.4035409
49  ko00280 SI_Iron.content  0.4700855
50  ko00062      Liver_iron -0.5690791
51  ko05322      Liver_iron -0.5949386
52  ko00100      Liver_iron -0.5366300
53  ko00740      Liver_iron -0.6721612
541 ko01040      Liver_iron -0.4236874
551 ko00920      Liver_iron -0.3809524
561 ko05143      Liver_iron -0.4308397
57  ko00140      Liver_iron -0.5610501
58  ko00627      Liver_iron  0.6465201
591 ko00053      Liver_iron  0.5360195
601 ko00760      Liver_iron  0.4932845
611 ko03410      Liver_iron -0.3986569
621 ko00280      Liver_iron  0.4761905

图形结果展示：

# 交互式图形结果
Sankey_pic$plot

Tips 5：可以将鼠标拖动感兴趣的节点。